HDX解决方案

HDX解决方案 - 蛋白质结构构象的数据洞察

  • 你在寻找一种方法来识别潜在的生物治疗蛋白质中的结构热点吗?

  • 你是否在寻找一种方法来理解你的生物治疗药物在配方或储存过程中的结构构象变化?

  • 你想了解更多关于蛋白配体(药物/蛋白质)的相互作用及其对药物活性的关系?

万博在线客服布鲁克HDX溶液使您能够回答这些问题,打开对蛋白质结构构象的洞察,提供可靠的最终结果-第一次,每次。

生物治疗发展的挑战

(生物)药物科学的研究人员越来越有责任获得更深入的知识和理解相互作用和压力因素(如pH或温度)对生物治疗蛋白质构象结构的影响。这是一项非常具有挑战性的任务,研究人员经常使用各种分析工具来研究生物治疗药物的高阶结构,监测蛋白质/蛋白质药物相互作用并进行表位定位。

最近几年氢氘交换质谱法(HDX-MS)作为一种有价值的技术出现在分析工具库中,为蛋白质结构构象提供这样的见解。然而,直到最近,由于缺乏自动化和有限的数据解释工具,以及需要可靠的单同位素质量分配,HDX-MS主要局限于学术研究实验室。

HDX解决方案提供快速、自动化、可靠、定量的结构洞察力

万博在线客服布鲁克HDX溶液结合LEAP HDx扩展PAL,与市场领先万博在线客服布鲁克马克西斯二世ETD以及最先进的软件塞拉分析公司(HDExaminer)用于数据分析。这个布鲁克的maXis ETD II UHR-QTOF业界领先的ETD能力万博在线客服提供无与伦比的序列覆盖度为中等下来,自上而下的研究,同时继续使用您现有的肽图谱的工作流程。然而,HDX-MS从基于胃蛋白酶消化利用走向分裂ETD的力量中间下来,自上而下的研究自下而上的战略发展具有革命性的构象进行研究方式的潜力。

Bruk万博在线客服er HDX解决方案工具包提供自动化和可靠的HDX-MS工作流程,具有正确的单同位素准确质量读数,以充分探索H/D比的定量结果。这使得有关生物分子的结构见解能够可靠地获得,并具有更大的确定性和信心。

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根据在30秒H / d交换大肠杆菌HtpG颜色的晶体结构的二级结构表征编码的
大肠杆菌HtpG晶体结构的二级结构表征

自动HDX与UHR-QTOF MS技术结合的优点

HX-MS自动实验机器人装置的关键部件
自动HX-MS实验机器人装置的关键部件(点击放大)

由于高电平的特异性和灵敏度的两者MS和MS / MS中使用的实现超高分辨率四极飞行时间(UHR-QTOF)技术生物治疗刻划源远流长。UHR-QTOFs来提供正确的单一同位素精确质量读数,同时维持的能力真同位素模式为了获得准确、可靠的H/D比值,使研究人员能够充分探索HDX-MS研究的定量结果,这是必要的。

将精确的单同位素肽质量信息与创新的碎片方法(如电子转移离解在UHR-QTOF平台上,提供了更多的见解。我们不再仅仅知道哪些肽区受到干扰的影响,但我们现在可以确定在残基水平上发生的变化。

然而,要使HDX-MS成为(生物)药物科学中一项常规、可靠的技术,就必须能够方便地解释所获得的数据,并自动化从样品制备到LC-MS分析的整个HDX-MS时间过程实验。

用于自动万博在线客服结构构象表征的Bruker-HDX溶液

万博在线客服布鲁克HDX溶液是一个结合了LEAP HDx扩展PAL,UHPLC泵万博在线客服布鲁克马克西斯二世ETDSierra Analytics HDExaminer软件。

通过使用最先进的(MS)独立于供应商的HDX系统,LEAP HDX PAL、健壮性和可靠性作为标准内置。LEAP HDx PAL自动化HDx实验工作流程,安排和执行标记实验,然后在冷条件下淬火和注射。

高质量的色谱和质谱数据

在Sierra Analytics HDExaminer软件中制作的代表性热量图,显示了在孵育5s至86400s后氘吸收的差异
Sierra Analytics HDExaminer软件制作的代表性热量图,显示了在孵育5s至86400s后氘吸收的差异(点击放大)

在UHPLC条件下进行色谱分离,然后使用万博在线客服布鲁克的maXis II它具有亚ppm质量精度、高灵敏度和同位素保真度保证、高质量数据和最终对H/D比的信心。

市场领先的ETD能力开创了HDX-MS实验的新纪元。通过在残基水平(而不仅仅是肽水平)进行探测来增强知识的能力可能会提供额外的特异性,并更容易突出潜在的热点。自上而下和中而下的方法也是可能的,并且提供了与传统的基于自下而上胃蛋白酶消化的HDX-MS实验所得的补充数据。

可视化和洞察力

在数据分析之后获得的信息和见解可用于在扰动存在下探测蛋白质结构构象的变化。

通过链接到PyMol等晶体结构可视化程序,可以很容易地可视化负责这些变化的区域。

蛋白质HtpG经历在ATP基于从HDX-MS实验数据中存在的结构变化的晶体结构的表示。
基于HDX-MS实验数据的蛋白质HtpG在ATP存在下发生结构变化的晶体结构表征(点击放大)

创新、智能的样本调度

将HDX-MS带入自动化时代和(生物)制药实验室的关键特征之一是创新的调度软件,克罗诺斯,包括与LEAP HDx扩展PAL。

该软件通过对样品制备步骤(包括标记、培养、消化和淬火)的智能组织和调度,最大限度地提高色谱处理量,从而提高实验室生产力。

随LEAP HDx PAL提供的Chronos软件提供的优化调度
优化调度提供与LEAP HDx扩展PAL的Chronos的软件提供(点击放大)

最广泛使用的HDX-MS数据解释软件


Sierra Analytics HDExaminer软件提供了解释和分析质谱数据的能力,从而全面了解蛋白质的氘化吸收行为。这是市场上使用最广泛的供应商中立解决方案,具有高度的功能性和易用性。

观看视频塞拉利昂分析HDExaminer软件找出它如何帮助您解释的HDX-MS实验的结果:

在HDX工作流程

HDX-MS实验往往例如至少2度不同的条件下进行了一系列的时程实验在2级不同的pH水平,或在2度不同的温度下,或具有和不具有添加剂。

一旦用于一系列实验的条件已被确定,该信息被传输到的Chronos调度软件的预温育,贴标签,淬火,消化和分离时间的自动计算。

表示任务的流程图的HtpG / HtpG + ATP一个完整的HDX-MS实验自动执行由HDX解
表示任务的流程图的HtpG / HtpG + ATP一个完整的HDX-MS实验自动执行由HDX溶液(点击放大)

一旦一切准备就绪并开始采集,系统将自动运行准备、注入和分析系列中的所有样本。收集质谱数据后,将其上传至HDExaminer软件,用于计算H/D比、生成氘化吸收曲线图和绘制热图。然后,这些数据可以导出到三维晶体结构程序(如PyMol)中,以便对受研究变化影响的区域进行三维可视化。

HDX解决方案的工作流程(点击放大):

HDX解决方案工作流
HDX解决方案工作流

万博在线客服布鲁克·道尔顿服务由厂家培训和认证manbet手机网页的工程师来完成。DIN EN ISO 9001:2000条的要求得到满足。

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